舞台是前作的两年后......
在美和事件发生后，時人在震惊中消失了。
从那时起，巴、滋乃和千鶴就再也听不到他的任何消息了。
在担心時人的安全的同时，每个人都过着平静的生活。
有一天，滋乃在大连的哥哥来了一封信，说他看到了一个长得像時人的人。
虽然不确定，但三人还是前往遥远的地方寻找時人......

在开往大连的游轮上，三人遇到了一伙形迹可疑的人和一个年轻女孩，但她们对第一次来大连感到非常兴奋，没有注意他们。

三人娘和御神楽探偵事務所的其他成员到达大连，在大连民政署工作的滋乃的哥哥静斗接待了她们。
在参观城市后，众人开始寻找時人，重点是他被目击的地方。
当他们前往其中一个地点——逢坂町教会的时候，事件发生了。
教会的神父畑中被发现死亡，他的双臂被切断。
事件发生在時人出现过的地方，他的失踪和这一事件可能有关......

三个人开始像过去一样调查起这个案子。
当完成了在教堂的调查，并准备返回酒店时，巴的眼前出现了一个神秘的美丽女人。
她留下了隐晦的话语：“神父是一个应该被杀死的人”。

这些话背后的真相是什么......！？

收录事件：

「殺サレルベキ男」
「呪香」
「百舌」

人物介绍：

御神楽時人（Mikagura Tokito）声：津田英佑

御神楽探偵事務所所长，30岁。被誉为 "帝都第一名侦探"。
生活邋遢，以至于不在乎他衣服上的领结是否打歪了。
眼睛总是眯着，仿佛在沉思，给人不可靠的印象。

事实上，他把所有的家务事都推给助手蘭丸。
此外，他把调查案件的工作交给三人娘，但从不告诉她们推理的关键。
因为美和跳崖大受打击。
《新・御神楽》中，他失踪了，两年后在中国的大连被发现，还染上了鸦片瘾。

鹿瀬巴（Kanose Tomoe）声：水樹洵

御神楽探偵事務所的成员，17岁，长野县出身。
在咖啡馆“山茶花”担任服务员时遇到了御神楽時人，不久后成为他的助手。
白色上衣和喇叭裙是她的日常装束，不过在山茶花工作时穿着和服，那似乎是她的制服。

开朗活泼，是三人娘的头领，也是三人中最有活力的。
有很强的洞察力，然而本人似乎对恋爱极为迟钝。
在裙子下面藏着一把袖珍手枪，自称枪法出于中上水平。
巴的家族大的吓人，有22个兄弟姐妹。