第二章 空理彷徨的接近遭遇

无法接受电子烤箱(暂称)就是时间机器的红莉栖愤然离开，而伦太郎与桶子虽然继续反复测试不过回到过去的现象却在之后就没有再发生过。休息过后伦太郎上网浏览时发现了自称来自2036年的时间旅行者名叫John Titor的人物出现在@channel (即2ch)，这位明明在2000年就出现过的人物除了伦太郎外所有人都对他毫无印象，打算找桶子相量的伦太郎在前往女仆咖啡厅时遇到无法正常跟人对话，只能透过手机讯息交流的神秘女子桐生萌郁，并在无奈之下答应协助她交换传说中的梦幻PC IBN5100的相关信息。

然而桶子亦对John Titor毫无印象，而就John Titor在网上放出的讯息伦太郎得知欧洲的研究机关SERN将会透过时光机器来统治世界，目前进行的LHC实验正是为了制造时间机器。半信半疑之下伦太郎决定借助超级骇客桶子的力量入侵SERN的网站，成功入侵后除了知道SERN正进行秘密实验的同时发现SERN的网络上放置了一个无法正常解读的数据库，在John Titor的协助下知道要解释这数据库正是需要IBN5100的隐藏机能。伦太郎他们决定兵分两路：桶子继续入侵SERN网站找寻更高级使用者的账号好让他们能够读到关于秘密实验的数据，伦太郎则在秋叶原寻找梦幻PC IBN5100。

几经波折下伦太郎终于在柳林神社找到IBN5100，同时超爱研究的红莉栖亦正式归队。两人回到研究所时桶子亦终于拿到SERN高层的账号，发现SERN真的进行着关于时间机器的研究，更进行了无数次人体实验，可惜全部以失败告终：被传送到过去的人因为无法穿过特异点而与胶蕉一样变成了胶人(Jelly Man)。

到这章为止主要人物都出场了：(包括一些上文没提及的)

冈部伦太郎：厨二病主角，自称狂气的疯狂科学家，凤凰院凶真。紧张时会拿出没有拨通的电话自言自语，常常自称被(伦太郎自己幻想出来的)「机关」追杀，口头禅是「这正是Steins Gate(命运石之门)的选择」。所谓的Steins Gate其实也只是伦太郎把两个无关联的字拼在一起使用，没有特殊意义。

椎名真由理：天然呆角色，无论任何情况说活总是保持着那种慢一拍的节奏。伦太郎的青梅竹马，以「人质」的身份一直留在伦太郎身边，与伦太郎两人一起创立「未来道具研究所」，不过自己对科学一窍不通亦没太大兴趣，兴趣是制作cosplay服(但自己不会cos)。

桥田至：通称桶子，超级骇客。无论是二次元或是三次元或是无机物都可以萌起来的恋态绅士，精通@ch用语，菲莉丝的大fans。

牧濑红莉栖：年仅17岁就在美国大学毕业的天才少女，以回流生身份短暂留在日本。科学者性格，超级喜欢研究。表面上认真严谨，实为傲骄加重度的@ch使用者。有着「The Zombine」、「助手」、「Christina」等称号…全部都是伦太郎帮她改的就是。

(The Zombine是因为伦太郎目睹过红莉栖死过一次，所以称现在的她为复苏者。而红莉栖罗马拼音为kurisu，而她又是美国回来的所以伦太郎帮她改个洋名叫Christina。)

桐生萌郁：在秋叶原寻找IBN5100的神秘女子，重度手机依赖症，短讯输入速度惊人，被伦太郎称为「Shinning Finger」(闪光的指压师)。

漆原琉华：伪娘一名。柳林神社的「巫女」，外貌跟性格同样楚楚可怜，不过是男的。因为父亲的僻好而穿着巫女服，普通服装则为中性打扮。跟真由理是同学，在某次机绿下认识伦太郎而成为他的弟子。

菲莉丝‧喵喵：跟真由理在同一间女仆咖啡厅打工的女生，小恶魔一名。能够跟上伦太郎的厨二病设定甚至用自己的设定盖过它让伦太郎哑口无言。

阿万音 铃羽：在「未来道具研究所」楼下的显像管工房打工的女生，被伦太郎称作「打工战士」。

第三章 蝶翼之世界变动线

伦太郎他们透过入侵SERN了解到时间机器的理论，不过连SERN他们都仍有着解决不到的问题。而与SERN不同的是，伦太郎他们这边是已经成功掌握将短讯传送到过去的大致条件，虽然说只可以传送大概容量为36bits的短讯，不过这已经令他们雀跃不了，更决定尝试用D-Mail(送信到过去的短讯)来改变过去：第一个实验就是将乐透的中奖号码传送到过去叫自己去购买。

就在送信的一刻，世界线再一次变动。当然，只有伦太郎一个人察觉得到，大家对用乐透号码改变过去的实验毫无印象。然而，透过短讯伦太郎他们真的中奖了，但或许是因为世界线的收束，原本应该中三奖的组合(他们本身也不太敢乱来)因为误填而变成了四奖。比起这个，伦太郎更在意只有自己拥有世界线变动前的记忆，就算跟红莉栖他们相谈亦得不出结果，最后决定发讯给自称时间旅行者John Titor讯问，可惜John Titor亦无法完全掌握这个状况，因为就他所知世界线变动时所有人的记忆亦应同时重置。但若然伦太郎说的是真话的话，那么伦太郎可能就是一个不得了的存在。

第四章 梦幻的恒常性

为了了解状况伦太郎他们决定继续用D-Mail来改变过去。萌郁、琉华、菲莉丝都分别发出改变过去的D-Mail。而为了留住因为找不到自己亲生父亲而离开秋叶原的铃羽，伦太郎他们再次用D-Mail来改变过去。他们却万万没想到，这样随便改变过去将带来严重后果。

这章其实响应了游戏最初伦太郎的独白，他们实在太不谨慎，随便的改变过去。

他们没想到因为蝴蝶效应，一个小小的改变将会影响整个世界。

2010年是世界线变动得异常厉害的一年，原因有两个：一是冈部伦太郎这人物，二是IBN 5100。只要伦太郎拥有IBN5100后就能改变世界。可惜的是他们这一刻并未察觉到，原本已经在柳林神社回收的IBN5100，在伦太郎他们不断改变过去的同时亦变得遥不可及。